Sau khi chết vì bị dội bom, Alita đã được hồi sinh bởi Nova và thậm chí còn được bồi thêm một cơ thể cường tráng hơn. Sau đó cô nhận thấy mình đang ở trên vùng đất Tiphares bị tàn phá, nơi đang diễn ra trận chiến giữa cư dân Tiphares với lũ bọ não đang rất dữ dội.

Cùng lúc này, hệ thống an ninh tự động vẫn còn rất hung hăng và kết liễu bất kì vật thể nào chuyển động. Bị áp đặt vào một tương lai khác, nơi mà Alita phải làm lại mọi thứ. Cô đã bị lạc trong cái tương lai mà chính mình cũng ko thể hiểu ấy. Đối với Alita, mọi người mà cô yêu thương đều đã ko còn. Lúc này cô phải bắt đầu với một nhiệm vụ đi tìm Lou. Alita bắt đầu cuộc hành trình của mình mà từ đó đã thay đổi tương lai của cô và khiến cô phải đối mặt với chính quá khứ của mình