Tại một vũ trụ, nơi mà mỗi nền văn minh được sinh ra sẽ luôn có Herrscher được sinh ra với mục đích chính là hủy diệt nền văn minh đó. Những valkyria, những nữ chiến binh được tăng cường sức mạnh nhờ năng lượng Honkai sẽ là phòng tuyến cuối cùng bảo vệ thế giới khỏi sự hủy diệt của Herrscher. Truyện kể về lần Honkai Impact thứ 2 và Herrscher thứ 2 cùng với gia đình Kaslana và Theresa. Truyện là nguyên nhân cho những sự kiện sẽ xảy ra sau này trong game Honkai Impact 3.